Em 1913, deu-se início à construção da Catedral como é hoje, elaborada pelo alemão Maximilian Emil Hehl, professor de Arquitetura da Escola Politécnica. O templo foi inaugurado em 25 de janeiro de 1954, na comemoração do 4º Centenário da cidade de São Paulo, ainda sem as duas torres principais.
A primeira versão da Igreja foi instalada ali em 1591, quando o cacique Tibiriçá escolheu o terreno onde seria o primeiro templo da cidade construído em taipa de pilão (parede feita de barro e palha socados estruturados em toras).
Em 1745, a “velha Sé”, como era chamada, foi elevada à categoria de Catedral. Por isso, neste mesmo ano, inicia-se a edificação da segunda matriz da Sé no mesmo local da anterior. Ao lado dela, em meados do século XIII levanta-se a Igreja de São Pedro da Pedra. Em 1911, os dois templos foram demolidos para dar espaço ao alargamento da Praça da Sé e, finalmente, à versão atual da Catedral.
O monumento também teve a sua importância na vida política recente do país. Em tempos de despotismo militar, assumiu o arcebispado D. Agnelo Rossi (1964-1970), inaugurando a fase da teologia da libertação e da opção preferencial pelos pobres.
Desde 1970, sobressaiu-se a figura do cardeal arcebispo D. Paulo Evaristo Arns, que dedicou todo o seu tempo e o seu esforço ao combate à ditadura militar, denunciando os crimes, as torturas e cedendo a Sé catedral para as manifestações políticas e ecumênicas pelos desaparecidos políticos e pela anistia. Mobilizou-se por ocasião dos assassinatos do jornalista Vladimir Herzog e do operário Manuel Fiel Filho.
Em 1999, a arquidiocese de São Paulo decidiu realizar um grande plano de restauração e conclusão do prédio da Catedral da Sé. Havia se tornado claro que, devido aos desgastes do tempo, a estrutura do edifício e muitos dos demais componentes da catedral apresentavam sérios riscos de perda e até mesmo de acidentes para seus freqüentadores.
O templo foi então fechado e iniciaram-se as obras, que implicariam no restauro e também na conclusão do prédio até então inconcluso. Obviamente, as obras de conclusão realizariam a planta original. Construíram-se assim as 14 belíssimas torres laterais, que faltavam, bem como foram restaurados todo o prédio, os vitrais, as obras de arte, as magníficas portas, a iluminação, o carrilhão de sinos e tudo o mais, junto com uma limpeza geral de toda a construção.
Um dos cinco maiores templos góticos do mundo, a Catedral da Sé, agora restaurada e concluída, foi reaberta em todo o seu esplendor em 2002, após três anos de reformas e voltou a ter missas diárias e toda uma programação de outras atividades religiosas. Além disso, oferecem-se agora visitas monitoradas do templo.
